不透风的墙，尽管郑芝龙试图将秘密保守到出发之前两三天才公开宣布，但由于十八芝内部的保密制度并不严格，相关的消息还是在几天后就传扬开了。对于前途惶惶不安的海盗们在得知郑芝龙已经下定决心不作抵抗就放弃澎湖之后，人心更是难以再凝聚到一起。

4月28日，海盗头目何斌、郭怀一率部叛逃，一下子拉走了六十多条船和近千人。他们并没有选择前往福建投降，而是去往了大员港，选择投靠荷兰人。在他们看来，荷兰人在大员港所兴建的热兰遮城已经初具规模，远比跑到千里之外的陌生荒岛上可靠得多。